Жозе Эдуарду душ Сантуш родился 28 августа 1942 года в г. Луанда. Отец, Эдуарду Авелину душ Сантуш - каменщик на пенсии. Мать, Жасинта Жозе Паулину - домохозяйка. Оба родителя ныне покойные.Ж. Э. душ Сантуш окончил начальную школу в г. Луанда. Среднее образование получил в национальном лицее Сальвадор Коррея. В начале 50-х годов, еще будучи студентом лицея, Ж. Э. душ Сантуш начинает свою политическую деятельность В этот период, с созданием партии МПЛА - Народного движения за освобождение Анголы - национальное движение в стране получило новый импульс. Ж. Э. душ Сантуш активно участвует в работе подпольных групп, создаваемых в тот период в пригородных районах Луанды.
События 4 февраля 1961 года, положившие начало в вооруженной борьбе за национальную независимость, вызвали волну жестоких репрессий со стороны португальских колонизаторов в отношении африканского населения Луанды. МПЛА принимает решение о переходе к новым методам ведения борьбы. Многие молодые ангольцы уезжают из страны с тем, чтобы принять активное участие в вооруженной борьбе за независимость.
7 ноября 1961 года, в составе группы из семи человек, Ж. Э. душ Сантуш тайно покидает страну и направляется в Конго в Леопольдвиль. Благодаря исключительным личным качествам, в возрасте лет 20 лет Ж. Э. душ Сантуш одновременно выполняет функции вице-председателя молодежной организации ЖМПЛА, одним из основателей которой он является, и первого представителя МПЛА в Браззавиле. В 1962 году приходит к убеждению, что вооруженный путь является основной формой борьбы против колониального господства, и вступает в ряды EPLA (название партизанской организации МПЛА).
В ноябре 1963 года, в составе группы стипендиатов МПЛА, направляется на учебу в СССР, где поступает в Бакинский институт нефти и газа. В июне 1969 года получает диплом инженера-нефтяника.
Во время обучения в институте Ж. Э. душ Сантуш курирует вопросы политической работы среди ангольских студентов в СССР, а затем становится руководителем сообщества ангольских студентов в Советском Союзе. После защиты диплома был направлен в специальное военное училище в СССР, где в течение одного года проходит курс военной подготовки по специальности связиста. Полученные знания позволяют Ж. Э. душ Сантушу в период с 1970 по 1974 год занимать должность начальника узла связи Северного фронта, а позднее заместителя начальника службы связи Второго военно-политического округа МПЛА в Кабинде.
В 1974 году Ж. Э. душ Сантуш назначается членом Временной комиссии по реорганизации Северного фронта и начальником финансовой службы Второго военного округа. В это же время он вновь назначается на должность представителя в МПЛА в Браззавиле, где продолжает работать до июня 1975 года.
В сентябре 1975 на межрегиональной конференции МПЛА, проходившей на Восточном фронте (Мошику), по предложению Агоштиньу Нету, избирается членом Центрального Комитета и членом Политбюро МПЛА. На него возлагаются обязанности по координации политической и дипломатической деятельности в рамках Второго военно-политического округа.
В июне 1975 года, в крайне сложный внутриполитический период, предшествующий провозглашению национальной независимости, Ж. Э. душ Сантуш назначается координатором Департамента иностранных дел МПЛА. Он приступает к организации различных служб дипломатического ведомства в Луанде, а также занимается активной дипломатической деятельностью, направленной на установление отношений с большинством африканских государств. В этот период он одновременно выполняет обязанности главы Департамента здравоохранения МПЛА.
После провозглашения 11 ноября 1975 года независимости Народной Республики Ангола Ж. Э. душ Сантуш назначается на должность министра иностранных дел. В период нахождения Ж. Э. душ Сантуша на посту главы МИД, благодаря энергичным дипломатическим усилиям, в феврале 1976 года Ангола добилась признания в качестве полноправного члена ОАЕ, а 1 декабря 1976 года стала полноправным членом ООН.
На I съезде МПЛА, состоявшемся в декабре 1977 года, Ж. Э. душ Сантуш избирается членом ЦК и членом Политбюро МПЛА – партии труда. В период с 1977 по 1979 год исполняет обязанности секретаря ЦК по вопросам образования, культуры и спорта, затем секретаря ЦК по вопросам национальной реконструкции, и позднее секретаря ЦК по вопросам экономического развития и планирования. В этот же период, вплоть до декабря 1978 года, одновременно исполняет обязанности первого заместителя председателя Совета Министров. В декабре 1978 года назначается министром планирования.
После кончины первого президента Анголы Антониу Агоштиньу Нету, 20 сентября 1979 года Ж. Э. душ Сантуш избирается председателем МПЛА – Партии труда. 21 сентября 1979 года Ж. Э. душ Сантуш вступает в должность председателя МПЛА – ПТ, президента Народной Республики Ангола и главнокомандующего Народными вооруженными силами освобождения Анголы (FAPLA).
В ноябре 1980 года Ж. Э. душ Сантуш избирается председателем Народной Ассамблеи – высшего органа государственной власти.
17 декабря 1980 года, на внеочередном съезде МПЛА – ПТ, были подтверждены полномочия Ж. Э. душ Сантуша по исполнению обязанностей на всех вышеперечисленных государственных постах. В первой половине 80-х годов Ж. Э. душ Сантуш предпринял первые попытки проведения политических и экономических реформ, реализация которых крайне осложнялась состоянием войны, в котором находилась страна.
В 1985 году II съезд МПЛА – ПТ вновь утвердил Ж. Э. душ Сантуша на всех государственных постах.
В период с 1986 по 1992 год Ж. Э. душ Сантуш сосредоточивает усилия на активизации процесса мирного урегулирования в стране. В результате, к 1992 году был завершен вывод оккупационных войск ЮАР с национальной территории, а также был решен вопрос о возвращении на родину кубинского военного контингента.
В декабре 1986 года Ж. Э. душ Сантушу присвоено звание генерала армии – высшего воинского звания Анголы.
В этот период, в связи с изменениями международной обстановки в регионе и, в частности, с провозглашением независимости Намибии, было положено начало переговорам, в результате которых был подписан мирный договор в Биссе и начат процесс перехода Анголы к политическому плюрализму и принципам рыночной экономики. Подписание договора сделало возможным организацию и проведение демократических выборов на многопартийной основе. В результате выборов МПЛА получила большинство мест в высшем законодательном органе страны. За Ж. Э. душ Сантуша проголосовали 49,57 % избирателей. В связи с невозможностью проведения второго тура выборов, Ж. Э. душ Сантуш вновь назначен на пост президента Республики Ангола.
Заслуги Ж. Э. душ Сантуша отмечены присвоением многих наград и званий. 29 апреля 1993 года Ж. Э. душ Сантуш, в знак признания его усилий по созданию «свободной демократической и мирной Анголы», был удостоен Почетного Диплома Национального института свободы США (INS).
Ж. Э. душ Сантушу был удостоен ряда высоких иностранных наград и знаков отличия, в частности, он был отмечен Почетными Дипломами «Национальной комиссии по расовой справедливости единой церкви Христа (США) и Федерального университета Бразилии, ему вручали награды президент Намибии Сэм Нуйома и президент Габона Омар Бонгу. В 1998 году на IV очередном съезде партии Ж. Э. душ Сантуш вновь переизбран председателем МПЛА.
Среди наиболее значимых задач последнего времени, стоявших перед президентом Анголы, можно отметить обеспечение территориальной целостности, достижение и сохранение мира в стране. Эти задачи были решены в результате подписания в апреле 2002 года в Луанде Меморандума о взаимопонимании, явившегося дополнением к Лусакскому Протоколу.
Ж. Э. душ Сантуш является соучредителем Сообщества стран официального португальского языка (CPLP).
Жозе Эдуарду душ Сантуш женат. Жена – Ана Паула душ Сантуш. Имеет троих детей. В свободное время занимается футболом, гандболом, баскетболом, играет на гитаре и барабане. Предпочитает легкую музыку классической. Любит литературу. Отдает предпочтение ангольским авторам.